بیماری اتوایمیون به اختلالاتی گفته می شود که در آن سیستم دفاعی به یک عضو بدن حمله می کند. حمله سیستم دفاعی به سیستم عصبی ، باعث ام اس می شود ، تخریب مفاصل توسط سیستم دفاعی آرتریت نامیده می شود و صدمه به پوست وبافت همبند درلوپوس ، لیکن پلان ، پسوریازیس دیده می شود ، ای ال اس احتمالا حمله سیستم دفاعی به ستون حرکتی نخاع است. درپزشکی سخت افزاری تو ضیحی برای اینکه چرا سیستم دفاعی به اعضای بدن حمله می کند وجود ندارد ولی درسیستم درمان های ذهنی یا درمان نرم افزاری ، به علت تنفر ویا تضاد فرد از خود یا کسانی که ناخودآگاه توانایی تفکیک آنها را از خود ندارد ، او را عامل استرس تشخیص داده و به سیستم دفاعی دستور حمله به خود فرد را صادر می کند . چون ناخودآگاه فقط می خواهد عامل استرس را حذف کند و تحلیل درستی از موضوع ندارد . این که چرا در هر بیمار یک قسمت بدن درگیر می شود خود توضیحی دیگر دارد . درمان ذهنی باعث تغییر دستور نرم افزار شده ، فرد دیگر عامل استرس نیست و حمله سیستم دفاعی صورت نمی گیرد و وقتی تخریب متوقف شود با استفاده از فعال کردن نرم افزار های ترمیم سلولی ، تخریب ها ترمیم می شود. بنابراین واضح است حتی در کنار درمان های سخت افزاری وجود درمان نرم افزاری ضروری است که عدم توانایی درمان های دیگر را پوشش دهد . این توضیح ضروری است که این درمان با درمان های دارویی اصلا تداخلی ندارد.